Gli organi di governo della Misericordia di Viareggio sono principalmente due: Magistrato e Consiglio. Il primo può essere definito come organo direttivo, mentre il secondo è l’organo supremo che rappresenta l’assemblea dei soci. Del Magistrato fanno parte Presidente, Vice-Presidente, Provveditore e quattro Conservatori nominati tra i consiglieri. Il Consiglio è invece composto da 24 confratelli eletti dalla fratellanza. I consiglieri rimangono in carica per tre anni, al termine dei quali possono ripresentarsi per venire rieletti.